O Ubuntu Linux inclui uma ótima ferramenta GUI Disk Usage Analyzer, que permite descobrir quais arquivos e pastas ocupam todo o espaço em seu disco rígido. Esta é uma daquelas ótimas pequenas ferramentas que devem ser empacotadas em todos os sistemas operacionais.
Você encontrará a ferramenta no menu "Acessórios":
O mapa gráfico da pasta parece ser uma boa ideia, mas, a partir desse tutorial, não parece que ele informa o nome do arquivo / pasta no mapa. Tenho certeza de que isso será resolvido em breve.
Você também pode excluir arquivos de dentro da ferramenta, o que é uma vantagem adicional.
Testado em: Ubuntu Edgy Eft. (Ferramenta pode não existir em versões anteriores)