Esses arquivos são armazenados em dois locais diferentes: Na área de trabalho (ou na pasta Documentos) e no iCloud Drive. Excluir um arquivo da área de trabalho ou Documentos também excluirá a cópia armazenada no iCloud Drive.
No entanto, quando você desativa a sincronização da área de trabalho e do Documents iCloud Drive, o macOS remove automaticamente os arquivos desses dois locais e só armazene-os no iCloud Drive. Isso parece um pouco atrasado em relação a como isso deve funcionar, por isso, se você estiver pensando em desativar esse recurso, veja como recuperar seus arquivos para a área de trabalho e a pasta Documentos.
Para acessar essa configuração, abra as Preferências do Sistema e clique em “iCloud”.
Em seguida, abra a pasta do iCloud Drive no seu Mac e você verá duas pastas chamadas "Desktop" e "Documents". Existem onde seus arquivos desapareceram.