Se você estiver vindo do Windows, provavelmente está familiarizado com o acréscimo de um atalho à pasta Inicializar no menu Iniciar para que o programa seja iniciado após o login.
O Ubuntu fornece um pequeno utilitário para ajudar você a realizar a mesma coisa, mas não tem o nome exato do que você pensa, então talvez você não tenha encontrado isso.
E sim, para os usuários mais técnicos, você pode modificar o script de inicialização e realizar a mesma coisa.
Você encontrará a ferramenta no item de menu System Preferences Sessions:
Testado em: Ubuntu Edgy Eft